交叉孔會形成三維邊緣結構，而且相交線上每點的毛刺厚度和高度都各不相同，這意味着基于相同大小毛刺的去毛刺工藝可能效果不佳。
　　除了旋轉式手持工具和一些用去毛刺工具以外，熱能去毛刺也是一種適合許多金屬零件交叉孔（包括小直徑孔）的去毛刺方法。如果需要對交叉孔進行表面精整加工，采用電化學去毛刺方法也能在零件結構上獲得高質量邊緣。對于大直徑交叉孔，使用填充了磨料的橡膠或紙制彈頭型工具，可以完成去毛刺加工。
　　當孔的直徑小于3.175mm、深度大于10倍直徑時，去毛刺加工將變得具有挑戰性，因爲大多數去毛刺工具或工藝方法很難進入這些既深又小的交叉孔中。例如，清理汽車發動機曲軸中交叉深孔的毛刺難度很大，而生產節拍對去毛刺的速度要求使其難上加難，因爲通常要在4秒鍾或短時間內完成去毛刺加工。